地震发生后，他在第一时间组织员工捐款达数万元，他主管的公益委员会所属、刚刚投产的食品公司还向灾区捐赠了价值72万元的救灾食品。目前这批救灾物资已运抵四川，并由四川省民政厅抗震救灾捐赠物资接受工作组配发给广元、德阳灾区。

5月18日，在“2008五大公园系列活动”开幕式上，他出席了公益委员会举行的现场公益拍卖活动，筹得救灾善款2万元；21日，他主管的志愿者委员会开通救灾志愿者热线，截止6月13日，共接到电话7963人次、报名人数4198名，其中两批心理干预和救灾志愿者已前往成都、都江堰开展工作；23日，他派出《公益人》会刊主编前往灾区探访，现场采访了百余名灾民、志愿者、医疗队医生和有关人员，发回近30篇采访报道、1000余幅纪实图片，并在中国公益人网上开辟专题报道；中国公益人网站对抗震救灾进行了不间断的跟踪报道，使公益委员会的会员和志愿者在第一时间了解到更多抗震救灾的实际进展情况；为了帮助灾区孩子早日重返校园，他还和文化部市场司、中国国际海运集装箱（集团）股份有限公司进行沟通联络，5月30日，由文化部与中国社工协会主办、公益委员会承办的“为了孩子”赈灾义拍义卖活动在中华世纪坛举行，98件名家作品全部拍出，筹得善款982.40万元；在他提议并关心下，公益委员会“中国社工支援灾区热线”，也于五月下旬顺利开通，热线实行24小时值守，收集登记来自灾区和全国各地有关救灾和灾后重建的需求信息，统一纳入中国社工协会支援灾区计划中，为中国社工参与、介入灾区社会救助、社会福利、社会公益、基层社区建设等方面提供信息支持。

马剑飞同志还亲自与有关部门联系灾后重建项目的实施、落实。5月30日至6月6日，他又前往四川重灾区，考察调研，行程2600余公里，先后到汶川县及所属的映秀镇、雁门镇和北川县的安昌镇、钟鼓镇、以及理县、阿坝州马尔康等地，具体落实了中集集团捐赠“集装化组合校区”项目，并与中共汶川县委、中集集团签订了《向汶川县雁门中心学校捐赠集装化组合校区》三方协议，同时签订了对汶川县的长期帮扶协议，并和北川县领导商谈了协会援助事宜。汶川县委、县政府为此已向协会发来感谢信。

在地震灾区，他根据考察调研的实际情况，提出了对灾区进行扶持生产、扶持生活的“两扶”行动救灾方案，此举将在汶川和北川对10000户贫困农村家庭进行生产、生活的扶持；为便于高效有序的开展支援灾区工作，他提出了设立社工协会成都办事处的建议，并得到协会批准，下一步将由成都办事处具体办理协会对灾区的援助和扶持工作。

6月13日，由他担任编委会主任的《公益人》会刊，已将这次前往灾区考察采访的有关文字和照片编辑为赈灾专刊交付印刷，即将出刊。